1. Kepala Sekolah: bertanggung jawab atas kebijakan dan pengelolaan sekolah
2. Wakil Kepala Sekolah: membantu Kepala Sekolah dalam mengelola sekolah
3. Kepala Tata Usaha: bertanggung jawab atas administrasi dan keuangan sekolah
4. Guru Besar: bertanggung jawab atas pengajaran dan pembelajaran di kelas
5. Kepala Laboratorium: bertanggung jawab atas pengelolaan laboratorium
6. Kepala Perpustakaan: bertanggung jawab atas pengelolaan perpustakaan
7. Kepala Ekstrakurikuler: bertanggung jawab atas kegiatan ekstrakurikuler sekolah
8. Kepala Bimbingan dan Konseling: bertanggung jawab atas bimbingan dan konseling siswa.
Di luar struktur organisasi tersebut, SMA Muhammadiyah 6 Palembang juga memiliki Dewan Guru, Dewan Siswa, dan Unit Kegiatan Ekstrakurikuler (UKS) yang diketuai oleh siswa yang bertugas untuk mengkoordinasikan kegiatan ekstrakurikuler di sekolah.